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多数肽溶于无菌蒸溜水。初次溶解时，要注意使初始浓度比要求浓度大，如果多肽仅有限溶解性， 这便允许加入其它溶解剂或缓冲盐。
如果多肽在水中的溶解性有限，有几种选择可帮助溶解：
对碱性肽用稀乙酸（含Arg , Lys , His）
酸性肽用稀氨水（含Asp, Glu）
对极疏水的肽用10%有机修饰物（Acetonitnile , Methanol）
极不溶的肽用DM50或DMF
guanicline hydrochloride或脲的浓溶液也很有用， 与上述方法合用， 声处理也是溶解多肽的有效手段。
