无关人员要远离薄膜打孔机。薄膜打孔机需要由专业的操作人员来进行操作，在工作途中不允许没有受过操作的人靠近，以免造成危险事故，或者影响操作人员。薄膜打孔机在运转的时候，不可以把手和脚放在可移动的零部件上面，以免这些零部件的运动使得薄膜打孔机的运作受到影响。对于一些比较敏感的部分要注意避开。
使用完薄膜打孔机之后要进行一个深度的清洗，确保薄膜打孔机的干净。平时也要注意多保养一下薄膜打孔机的内部零件，比如说各种电机和轴承齿轮等等。薄膜打孔机根据加工的尺寸大小，加工孔的数量，加工孔的尺寸，加工孔位置数据等制作固定夹具。把夹具和自动转盘紧固，再控制电脑内设定好加工数据。把需加工的材料固定在自动转盘上。
薄膜打孔机启动机器，机器根据电脑指令和加工数据一次性完成打孔、钻孔、铣孔、通孔、盲孔、多孔、高低孔等加工程序。薄膜打孔机工作台由人工控制或采用数控装置控制，在三坐标方向移动，为了方便又准确地调整工件位置，薄膜打孔机工作台上加工区的台面用玻璃制成，因为不透光的金属台面会给检测带来不便，而且台面会在工件被打穿后遭受破坏。
薄膜打孔机工作台上方的聚焦物镜下设有吸、吹气装置，以保持工作表面和聚焦物镜的清洁。在薄膜打孔机使用前，一定要检查冲头及下模刀口处是否有杂物。在冲头上部加上润滑油，持续工作时，保持薄膜打孔机加油部位不缺油。使用时如有异响，请及时处理。薄膜打孔机必须擦干净，否则会引起产品稀路针或紧密路等疵病。
消除薄膜打孔机内积垢，可利用断钢锯条的背面来剔。如一次剔擦不清，可复剔一次，要达到洁净为止，然后再用刷子剔出油垢尘屑。不可贪图方便，将薄膜打孔机翻过来敲击，以免损坏薄膜打孔机。
