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技术贴:qPCR实验过程中的注意事项和解决方法

2023-05-11 02:11:20

文章来源:IVD学习笔记

信息来源:Super lab



RNA浓度和纯度

RNA 具有连续的吸光谱,其在 260 nm 处具有最高吸收峰;蛋白在 280 nm 处有最大吸收峰;230 nm 处的吸光度可反映乙醇、GTC、GuHCl、EDTA 等的含量。因此,在 RNA 的质检参数中,260、280 和 230 nm 下的吸光度分别代表了核酸、蛋白质及有机溶剂等的值。一般情况下,RNA 纯度检测时我们大都只看其在 OD260/OD280 比例中的数值范围,少量的蛋白、盐或基因组等污染我们是可以接受的。


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RNA完整度评估


mRNA 约占总 RNA 的 3%,rRNA 约占总 RNA 的 80% 以上。一般可通过凝胶电泳对 RNA (主要是 rRNA) 的完整性进行评估。那如何通过 RNA 的胶图分析这各种污染 “Bug” 呢?


以真核生物举例:完整的总 RNA 电泳后会产生 28S、18S、5.8S 的 rRNA 条带,28S 与 18S 的条带强度大致比例应为 2:1 (图 3a)。电泳条带 5.8S rRNA 出现则表示有轻微降解。RNA 本身就 “矫情”,得 “富养”~,因此在一般实验中,5.8S 条带出现很正常,但如果只有这一种条带且有明显弥散现象 (图 3b),后续逆转录的话还是建议 “及时止损” 吧!

 

若在 28S 以上出现多余的条带,还贼亮,gDNA 污染,无疑了 (图 3b)!若在点样孔中还有明亮亮的 “钉子户”,大概率的蛋白污染,可以“定罪了”。

真核生物胶图的目的条带为 23S、16S 和 5S,质检方法参照以上即可。


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图 3. RNA 凝胶电泳图。
a. 高质量 RNA;b. gDNA 残留;c. 蛋白残留;d. RNA 降解。


qPCR 这些操作你可长点心吧

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图 3. 标准扩增曲线 (a) 和溶解曲线 (b)


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