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核酸提取-原理和方法

2022-10-10 10:09:43

文章来源: ivd小食堂


核酸提取从提取目的、原理方法上目前一般分为质粒DNA提取、基因组DNA提取、RNA提取。其中质粒DNA大规模提取已广泛应用于佐剂制备、疫苗制备等工业产业中;基因组DNA、RNA的提取则广泛应用于基因检测的样品前处理中。


核酸提取主要分为两个步骤:1样品细胞的裂解,2裂解后待提取核酸的纯化。围绕这两个步骤产生了很多不同的处理方法。造就了目前市场上核酸提取试剂的繁多种类。


1:样品细胞的裂解及常用的裂解液组分


(1) 蛋白酶K

蛋白酶K具有极高的酶活性和稳定性:可以裂解病毒的外壳蛋白、降解与核酸结合的组蛋白、降解核酸酶尤其是RNA酶;在pH4.0到pH12.0均有活性、70℃高温中保持活性、在0.2-1%SDS存在下蛋白酶K显示出更好的活性、常用浓度的EDTA,Triton X-100,盐酸胍对蛋白酶K活力影响不大。一般蛋白酶K配制成10mg/ml或20mg/ml的贮存液,工作浓度一般是50-100μg/ml。一般来说除了蛋白酶K以外,裂解液中还会有一定浓度的pH缓冲液如 Tris-HCL、核酸酶抑制剂如 EDTA)、一定浓度的盐离子如氯化钠等维持核酸结构的稳定。一个常见的蛋白酶K裂解液:15mmol/L Tris-HCL(PH8.0)、10mmol/LEDTA、150mmol/LNaCL、0.5%SDS、100ug/mL蛋白酶K。


(2) 非离子型表面活性剂

常用于细胞裂解的非离子型表面活性剂有:NP-40、 Triton X-100、SDS、CTAB等。以表面活性剂为裂解液主要成分的裂解液一般主要用来从动物细胞或动物组织中提取可溶性蛋白。以常规的RIPA裂解液为例,一种配方为:50mM Tris(pH 7.4),150mM NaCl,1% NP-40,0.5% sodium deoxycholate。


(3)蛋白变性剂(高浓度胍盐或者有机酚类)

高浓度的盐酸胍或GITC能够快速的破坏细胞膜,变性蛋白质,同时胍盐是核酸酶的强抑制剂。含胍盐的保存液可以充分灭活病毒、有效地裂解细胞,在新冠病毒核酸检测中得到了充分的应用。举个栗子,一个常见的胍盐裂解液配方如下:5M GITC 、25mMTris(pH 7.0)、0.1mM β巯基乙醇、0.5%SDS。


(4)碱裂解

高pH值的强碱溶液会使细胞壁破裂,染色体DNA和蛋白质变性,并释放到溶液中。广泛应用于质粒DNA的提取,也可以用做核酸快速释放剂。一个常见的碱裂解配方如下:1M 氢氧化钠、1%PVP和1%Triton X-100、5mM EDTA。一般做快速裂解的碱裂解液会加入EDTA或者化学螯合树脂来螯合金属离子,抑制核酸酶对核酸的降解。


2:裂解后核酸纯化


(1)有机溶剂抽提

常用的抽提纯化方式为酚氯仿抽提加乙醇沉淀,利用酚氯仿异戊醇溶剂对裂解体系进行反复抽提以去除蛋白质,实现核酸与蛋白质的分离;再用乙醇将核酸沉淀下来,实现核酸与盐的分离。


(2)离心柱层析

核酸纯化的柱膜采用硅基材质在高盐、低pH值情况下吸附核酸;低盐、高pH值情况下释放核酸。采用离心柱法进行核酸提取获得的核酸的纯度和稳定性较高。缺点是提取效率较低,需要反复离心,操作复杂,难以进行较高通量的处理。


(3)磁珠纯化

利用超顺磁性氧化硅纳米磁珠在微观界面上与核酸分子特异性地识别和高效结合的原理,能快速将血液、动物组织、食品、病原微生物等样本中的核酸快速分离出来。磁珠法结合提取仪能快速进行大量样本的核酸提取方便快捷是目前广泛应用的核酸提取方法。


对于核酸提取来说,不同的样本类型差异巨大。目前市面上有用于各种植物、动物、微生物的核酸提取的试剂盒可以根据自己的实验需要购买专用提取试剂盒。自己配制提取试剂的话也要强调核酸提取方法及策略并不是一成不变的,需要根据所提取材料的不同、提取结果的差异灵活调整实验方案。


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